现在MES系统对企业的帮助是巨大的，但是企业在引进系统之后要进行操作，实施，一些起来开始评估MES系统操作难度问题，其主要表现在以下几个方面。

　　MES是企业管理革命，不是技术工程。

　　MES系统软件功能比较多，会涉及到企业生产，供应，销售，仓储，财务等各个业务部门，当然在使用过程中，服务器是需要技术部门的支持，有专家认为，在MES系统软件之前进行BPR（业务流程重构）是合理的，根据MES系统软件管理流程，企业生产，供应，销售，仓储，财务等业务活动的整合，必然打破部门壁垒，重新划分所有重叠的业务工作，这可能涉及裁员增效的敏感问题实行统一的生产物料计划，必然加大对生产部门和采购部门的控制，既影响部门领导的权威，又加强对每个员工的绩效考核，整体信息共享后，提高了信息的透明度，这也是一些人不愿意做的事情。

　　MES系统软件基础数据准备工作繁重。

　　由于MES系统软件的实施不是单个部门业务工作的电脑化，企业各部门共享的信息存在统一识别的问题，因此统一编码和数据准备是必不可少的，没有权威人员的领导和努力，这一障碍是无法克服的。

　　目前，企业在进行物资管理的过程中，不仅是对物资的简单管理，而且是物资配送的重要组成部分，企业在管理过程中往往非常重视仓库管理，仓库中存储的物料占用大量的物资，大量的资金，商品数据，库存数据，收发单据等，数据错误会导致整个系统数据的混乱，影响企业的生产经营，那么MES系统加强对仓储的管理。

　　仓储的基本功能包括货物的进出，库存和配送，这也是传统仓储的基本功能，仓储与仓储管理相结合构成了现代仓储的基本功能。

　　为了保证生产经营活动的正常运行，MES系统需要对仓储货物的收发，平衡等活动进行有效控制，对各类货物的活动状态进行分类和记录，并清晰，准确地表达出仓储货物的数量和质量状况，以及物料的具体位置，部门，订单归属，仓储分散程度等情况。

　　MES和ERP系统在仓库管理中有不同的管理层次，一般来说，ERP系统可以管理仓库中各类物料的总量，以及所有物料的进出情况，然而，ERP系统没有对仓库中的物料进行具体的管理，也没有对物料的进出规则进行有效的管理，如：大宗物料先进先出的先进先出管理等。